ClickOnceはMSI配布に比べていろいろな制限があります。

・ショートカットを自由に作成できない
・すべてのユーザに向けたインストールができない

しかし、一般ユーザ向けに配布するに当たり、自動アップデートの機能は魅力的ですね。

ClickOnceでちょっと困った点の解決方法をメモしておきます。

依存ファイルを一緒に配布する
依存するDLLなどの一緒に配布する必要がある場合、そのファイルをソリューションエクスプローラでプロジェクトに追加し、ビルドアクションを「コンテンツ」、出力ディレクトリを「常にコピーにする」に設定します。
これで、実行ファイルのディレクトリにファイルがコピーされます。

デスクトップにショートカットを作成する
無理なので、初回起動時にプログラムから作成するしかないようです。

何回もパブリッシュしているうちに、エラーが出て起動できなくなった
C:/Users/ユーザ名/AppData/Local/Apps/2.0 フォルダに実行ファイルの実体が保存されます。
これを削除すると、インストールできるようになりました。