ubuntuでmysqlを再起動する場合、

/etc/init.d/mysql restart

とやりますが、ここで

Stopping MySQL database server: mysqld failed!

とエラーが出てしまいました。

これは、mysqlを停止する際に使うdebian-sys-maintというユーザのパスワードが間違っているのが原因です。

mysqlをインストールした際、/etc/mysql/debian.cnfにランダムなパスワード（生）が保存され、mysqlデータベースのuserテーブルにハッシュ済みデータが保存されます。
ほかのmysqlサーバからデータを移行した場合など、このuserテーブルを書き換えてしまった場合に、上記現象が発生します。

mysqlのdebian-sys-maintユーザのパスワードを、/etc/mysql/debian.cnfに書いてあるものにリセットすれば、上記エラーは解決しました。